На Шотландию также сильно повлияли идеи протестантства. В 1560 году преимущественно протестантский шотландский парламент отменил власть Папы на всей территории Шотландии, а римско-католические религиозные службы стали незаконными. Была создана протестантская церковь Шотландии с избранным руководством, но, в отличие от Англии, это была не государственная церковь.

Королева Шотландии, Мэри Стюарт (часто называемая теперь «Мария, королева шотландцев») была католичкой. Ей была только неделя от роду, когда ее отец умер, и она стала королевой. Большую часть своего детства она провела во Франции. Вернувшись обратно в Шотландию, она стала центром борьбы за власть между различными группами. Когда ее муж был убит, Мэри обвинили в причастности к его убийству и ей пришлось бежать в Англию. Она передала свой трон своему сыну, Джеймсу VI, который, в отличие от матери, был протестантом.

Поскольку Мария была двоюродной сестрой Елизаветы I, она надеялась на то, что та поможет ей. Но Елизавета заподозрила Мэри в желании завладеть английским престолом и продержала ее в заключении в течение 20 лет. В конце концов Мария была обвинена в заговоре против Елизаветы I и была казнена.